Założenie zamkowe składa się z trzech wyraźnych części, zajmujących przestrzeń 250 000 m³. Składa się z zamku niskiego, średniego i wysokiego, co miało utrudnić ewentualnym najeźdźcom zdobycie wszystkich warowni jednocześnie.
Stanowi jeden z największych, zachowanych zespołów architektury gotyckiej na świecie. Krzyżacy rozpoczęli budowę swojej głównej twierdzy już w 1278 r. od wycięcia potężnej puszczy porastającej ten teren i gromadzenia cegieł oraz drewna na budowę. Największego wysiłku wymagało wyprodukowanie około 4 480 000 cegieł i dachówek ceramicznych.
Jako pierwsze powstało skrzydło północne z kaplicą, kapitularzem służącym rycerzom zakonnym do zebrań oraz sypialnie czyli dormitoria. Następnie skrzydło zachodnie z komnatą komtura i refektarzem. Część południową i wschodnią zamykały drewniane magazyny, warsztaty i stajnie niezbędne w krzyżackim zamku.
Ważnym elementem była potężna wieża obronna zwana gdaniskiem, połączona bezpośrednio z zamkiem. Była punktem obserwacyjnym na dynamicznie rozwijające się pod ochroną twierdzy miasto Malbork. Całość otoczono ceglanym murem obwodowym i potężną fosą, zasilaną przez wody Nogatu.
Istotny dla zamku był 1309 r., kiedy podjęto decyzję o przeniesieniu tutaj siedziby wielkiego mistrza, rezydującego do tej pory w Wenecji. Malbork stał się stolicą potężnego państwa zakonnego.
Budowlę należało przebudować i rozbudować. Przedłużono od strony wschodniej kościół Najświętszej Marii Panny i umieszczono przy nim kaplicę św. Anny, miejsce pochówku wielkich mistrzów. Na Zamku Średnim usytuowano rezydencję wielkiego mistrza, powstał pałac ze wspaniałym pomieszczeniem reprezentacyjnym i wieżą od strony Nogatu.
Po bitwie pod Grunwaldem Malbork był oblegany przez Władysława Jagiełłę ale we władanie królów polskich dostał się dopiero w 1457 r. Udało się to tylko dzięki inicjatywie Andrzeja Tęczyńskiego, który wykupił twierdzę od nieopłacanych żołnierzy najemnych pod wodzą Ulryka Czerwonki.
Od tej pory aż do 1772 r. była to jedna z najwspanialszych rezydencji królewskich. W 1618 r. zamkowy kościół przejęli jezuici i przebudowali w stylu barokowym.
Proces niszczenia zaczął się w 1774 r., kiedy Prusacy zaczęli przebudowywać Zamek Wysoki na koszary, wyburzono gotyckie sklepienia, przebudowano okna a Wielki Refektarz przeznaczono na ujeżdżalnię koni. Wiele bram i murów rozebrano na cegły. W latach 1801 - 1804 został zmieniony na wielkie magazyny wojskowe, co jeszcze powiększyło destrukcję.
Ogromne zniszczenia nastąpiły także w czasie walk w marcu 1945 r. Wojska radzieckie zburzyły całkowicie wschodnią część zamku wysokiego i średniego, wieżę główną i kościół zamkowy.
Kompleksowa odbudowa i rekonstrukcja rozpoczęła się w połowie XX w., od 1961 r. mieści się tutaj Muzeum Zamkowe a wszystkie części zamku są dostępne dla zwiedzających.
