Nie ma obowiązku szczepienia się przed wjazdem do Indonezji, ale dla własnego bezpieczeństwa powinniśmy się zaszczepić przeciwko wirusowemu zapaleniu wątroby typu A i B, błonicy, tężcowi i polio, durowi brzusznemu. W zależności od miejsca i charakteru pobytu przeciwko wściekliźnie i japońskiemu zapaleniu mózgu.
Istnieje także zagrożenie pasożytami układu trawiennego, gruźlicą i gorączką krwotoczną - dengą.
Groźną chorobą mającą ogniska w Indonezji jest malaria. Występuje zależnie od pory roku w całym kraju, poza okolicami Dżakarty, dużymi miastami i miejscowościami turystycznymi na Jawie i Bali. Wybór szczepień i sposobów profilaktyki zależy od trasy i charakteru podróży a także od stanu zdrowia podróżujących i indywidualnych przeciwwskazań. Zaleca się wizytę w poradni specjalistycznej na 6-8 tygodni przed wyjazdem. Środki takie należy zażywać jeszcze jakiś czas po powrocie.
W czasie epidemii ptasiej grypy zdarzały się przypadki zachorowań a nawet zgonów, problem został jednak zażegnany i nie zagraża turystom.
Opieka medyczna tak państwowa jak i prywatna jest odpłatna. Poziom usług medycznych w szpitalach państwowych pozostaje na średnim poziomie, koszty wizyty lekarskiej to 15 do 30 USD. Koszt doby w szpitalu do 15 USD w szpitalach państwowych, do 250 USD w prywatnych klinikach.
Koszty te nie obejmują opłat za usługi lekarza, badania laboratoryjne i lekarstwa. W prywatnym gabinecie pracuje najczęściej jeden lekarz, który jest specjalistą od wszystkiego, prywatne kliniki zapewniają pacjentom wyższy standard usług. W szpitalach i klinikach można się czasem targować, Indonezyjczycy widząc turystę mogą zawyżać ceny.
Wszystkie leki, także antybiotyki, można kupić w aptekach bez recepty, należy jednak zwrócić uwagę, że są mocniejsze od polskich odpowiedników.
Drobne dolegliwości, jak opatrzenie i zdezynfekowanie rany itp., może wyleczyć farmaceuta. Leki są tańsze w lokalnych aptekach, gdzie również można się targować, ceny w sieciowych są zazwyczaj wyższe.
Ubezpieczenia osobowe nie są obowiązkowe, ale warto je wykupić ze względu na wysokie koszty leczenia.
Opinie na temat spożywania posiłków w małych punktach gastronomicznych lub przydrożnych straganach są podzielone. Poziom higieny może być różny. Należy zwracać pilną uwagę na skaleczenia i zadrapania, odkażamy je natychmiast a w razie potrzeby zgłaszamy się do ambulatorium. Turyści narażeni są także na różne choroby układu pokarmowego, woda wodociągowa jest czysta ale przyjezdnym zaleca się pić butelkowaną i uważać na pikantne potrawy.
Lekarstwa są dostępne w większych miastach w aptekach a w mniejszych - w sklepach spożywczych.
